Neuf personnes d'origines différentes sont enlevées par l'organisation secrète Black Ghost et transformées contre leur gré en cyborgs dotés de super-pouvoirs. Les cyborgs parviennent toutefois à s'échapper. Ils s'allient et combattent l'organisation secrète qui veut déclencher une nouvelle guerre mondiale. Les cyborgs viennent de différents pays. Le cyborg 001 vient de Russie, 002 de New York, 003 de France, 004 d'Allemagne, 005 du sud des États-Unis, 006 de Chine, 007 de Grande-Bretagne et 008 d'Afrique. Mais c'est le neuvième cyborg, japonais, Joe Shimamura, qui est au centre du manga et de ses adaptations cinématographiques.
Les neuf cyborgs qui composaient autrefois l'équipe du Dr. Gilmore ont été séparés et suivent désormais des voies différentes. En particulier, le Cyborg 009 (Joe) a vu sa mémoire effacée et tente de vivre une vie normale à Tokyo.Mais une vague d'attentats terroristes visant la planète entière force la réunion des cyborgs pour contrer cette nouvelle menace. Joe et les autres devront reprendre leurs tenues de justiciers pour révéler une conspiration aux enjeux ésotériques…
