Deux cents ans après le suicide de l'officier Ellen Ripley, une équipe de généticiens clone la jeune femme afin de récupérer l'alien vivant en elle, qui n'est autre qu'une reine. À leur grande surprise, le clone de Ripley a hérité de certaines caractéristiques génétiques de l'alien et ce dernier possède en partie la mémoire de Ripley. Afin d'étudier cette fascinante espèce et de lui permettre de se reproduire, les scientifiques font appel à des pirates de l'espace qui leur fournissent des « cobayes humains » pour héberger les embryons d'alien. Les généticiens arriveront-ils à apprivoiser ces « bébés » ?