Iris, qui a trahi Kyrie, contrôle à présent Yuri après l'avoir libérée du cristal qui l'emprisonnait. Les deux combattantes dominent largement le Bureau d'administration temporelle, mais les trois âmes-clés, Dearche, Stern et Levi ressentent une étrange connexion avec la jeune Yuri. Nanoha et elles vont tenter d'en découvrir plus afin de la libérer de l'emprise d'Iris, avec l'espoir également de raisonner cette dernière.