Après s’être réveillé d’un coma, Booth retrouve la mémoire et reprend du service au FBI. Mais son amnésie, encore partielle, lui fait voir sa relation avec Brennan sous un nouveau jour. Alors qu’ils continuent de traquer des criminels toujours plus dangereux, les rapports de Booth et Brennan deviennent plus complexes.
La voyante d’Angela indique à Bones un charnier situé sous une fontaine publique. Remis de son opération, Booth est de retour au FBI et participe à l’enquête qui révèle les agissements d’une secte. Cependant, le coma a bouleversé l’agent qui souhaite éclaircir ses sentiments amoureux envers Bones.
Le coursier d’un diamantaire russe est assassiné et sa précieuse mallette dérobée par un agent de la CIA, lui-même exécuté peu de temps après. Booth doit retrouver le meurtrier et le mystérieux contenu avant que la CIA, impliquée dans l’affaire, ne confisque les preuves à l’Institut Jefferson. En parallèle, la publication du nouveau livre de Brennan cause quelques tensions avec Booth.
Booth et Brennan cherchent la cause du décès d’un adolescent, membre de la communauté Amish. Parti à la découverte du monde moderne, le jeune homme avait un don pour le piano qui aurait pu causer sa perte. Pendant ce temps, Camilla veut aider Michelle, sous sa tutelle, à rester dans le droit chemin.
Le corps d’un voisin est retrouvé dans le four hawaïen autour duquel se réunissent tous les ans les familles d’un quartier chic de banlieue. Pendant que Booth et l’équipe de l’institut Jefferson cherchent le meurtrier, Parker Booth cherche une fiancée pour son père.
Brennan et Booth enquêtent sur un mystérieux cadavre qui se révèle être une momie égyptienne autrefois prêtée à l’Institut Jefferson. Le mystère redouble lorsque le conservateur de l’institut trouve la mort en préparant l’antique défunt pour une exposition. En parallèle, Daisy, l’ex petite amie de Sweets, revient à l’institut et Brennan sort avec un collègue de Booth.
Les restes d’un fermier, gérant d’un élevage de poulets élevés en batterie, sont retrouvés dans le lit d’une rivière. L’homme était sur le point d’hériter de l’entreprise et comptait de nombreux ennemis. Pendant ce temps, Angela fête ses six mois de célibat d’une façon étonnante.
Seeley doit repasser son examen quant à la maîtrise de son armes à feu. Mais à la salle, ses résultats sont calamiteux. Il pense pouvoir discuter avec Sweets mais celui-ci est avant tout le psy du FBI. Il est dont obligé de supplier Gordon Gordon Wyatt de l'aider à régler son problème. Ce dernier accepte et consulte Sweets pour avoir un peu plus de détails sur la situation. Du côté du Jeffersonian, l'équipe enquête sur le meurtre d'un nain qui a été découvert lorsqu'un pan d'une rue s'est effondré. Les os du nain sont tout vert et tout le monde pense à un Leprechaun. Ils découvrent rapidement que la victime était un catcheur professionnel.
Lors d'une visite pour une maison qu'elle veut vendre, l'agent immobilier et ses clients découvrent un corps en cendre dans le lit de la chambre principale. Seeley accueille son grand-père à la maison ; ce dernier ayant été expulsé de sa maison de repos. Il accompagne Temperance et Seeley dans leur enquête. Lorsqu'ils découvrent l'identité de la victime, ils se rendent compte qu'il y a trop de cendres pour un seul corps. Ils doivent alors identifier la seconde victime et le meurtrier.
Un corps est découvert dans une benne à huile par le personnel en charge de récupérer la vieille huile. La peau est encore sur les os et Temperance normalement ne s'en occupe pas mais dès que les agents de la police scientifique le déplace, toute la peau et les entrailles se détachent. C'est donc une affaire pour elle. Sans identité, Temperance certifie que le corps appartient à un postier. Ils découvrent rapidement que le postier était le champion d'un jeu vidéo et que celui qu'il a détrôné a juré sa mort. Cependant, ils doivent aussi voir pourquoi un homme a porté plainte contre lui. Ils découvrent alors que le garçon, autiste, joue au même jeu. Quant à Hodgins, Fisher et Sweets, ils font la queue pour l'avant-première d'Avatar en 3D. Sweets rencontre une jeune femme qui semble plus intéressée par son corps que par faire la queue. Ils se relaient à tour de rôle tout en cachant à Camille qu'ils quittent leur poste.
Le père de Temperance l'implore de rester pour Noël et de faire un dîner avec sa cousine au deuxième degré. Une cousine qu'elle ne connaît pas. Elle ne promet rien mais accepte de rencontrer Margaret. La première rencontre se passe vraiment mal et Temperance refuse de faire le dîner. Alors que Seeley reprend le volant, il entend qu'un braquage armé est entrain d'avoir lieu dans une banque. Il est à à peine une minute de l'adresse et s'y rend. Il tient le braqueur en joue et lui demande de lâcher le butin mais le braqueur explose quelques secondes après, blessant deux passants et le souffle de l'explosion pousse Seeley contre sa voiture. Ce dernier a des fragments de chairs sur lui au même titre qu'une passante ; ils sont pris en charge par le Jeffersonian. Temperance s'occupe de prendre les preuves sur lui et doit le déshabiller. Hodgins découvre que la bombe a été déclenchée par la fréquence d'une émission de radio. Seeley et Temperance se rendent chez le suspect pour l'arrêter mais il est évident qu'il n'y est pour rien même c'est bien sa transmission qui a causé l'explosion.
Temperance et Seeley se rendent au Nouveau Mexique où un corps déshydraté a été découvert par un chasseur d'extra-terrestres. Temperance confirme qu'il s'agit du corps d'un être humain pour éviter une ruée de tous les fous dans la ville. Le shérif de la ville insiste pour que le corps reste sur place, ce qui force Temperance à effectuer toute l'autopsie avec l'aide du reste de l'équipe resté à Washington. Du côté d'Angela et Wendell, ce dernier veut révéler à Hodgins qu'ils ont une relation après que Camille leur ait fait savoir qu'elle n'était pas dupe. Contre toute attente, Hodgins réagit vraiment bien jusqu'au point de le leur prouver en déjeunant tous les 3 ensemble. Angela ne semble vraiment pas chaude. Sweets pense que rien ne va mais les 3 disent le contraire.
Alors que Booth vient de quitter le Jeffersonian, des hommes en noir mettent en quarantaine l'équipe et les informent qu'ils ont 24 heures pour découvrir la cause de la mort du corps qu'ils ont amené. Ils sont aussi informés que l'identité du mort n'est pas primordiale et de ne pas la rechercher. Camille Soroyan veut que cet examen se fasse rapidement pour qu'elle puisse voir Michelle pour lui parler de sa grosses. Elle a découvert un test positif juste après que cette dernière lui ai rendu visite et Temperance et Angela nient être enceinte.
Booth et Brennan se rendent sur un site historique de la Guerre Civile où un squelette a été trouvé. Brennan indique que les os appartiennent à un dentiste de l’époque, reste la cause du décès à déterminer. De retour d’Inde, Jared présente sa fiancée, Padme, à Booth.
L’Institut Jefferson examine le corps d’un jeune homme ressemblant étrangement à celui du diable décrit dans les textes bibliques. Après identification de la victime, patient d’un hôpital psychiatrique, Booth découvre une longue liste de suspects.
Après un séisme, l’eau des canalisations envahit le métro et charrie le corps d’un homme décédé il y a une semaine. Pendant que Booth mène son enquête, Sweets, présent lors de la catastrophe, souffre d’un stress post-traumatique. De son côté, Brennan savoure le succès de son second livre.
À la demande du docteur Sweets, Booth et Brennan relatent leur rencontre. Ils évoquent également leur première enquête et leurs relations avec l’équipe de l’Institut Jefferson.
La légende du boucher de Burtonsville est ravivée lorsque la dépouille d’une camarade de lycée de Brennan est retrouvée dans la forêt. Pour mener leur enquête, Booth et Brennan se font passer pour un couple venu spécialement au rassemblement des anciens élèves de l’école.
Un squelette est repêché dans un aquarium peuplé de requins et ouvert au public. L’identification mène à un homme porté disparu, auteur d’un livre sur le pouvoir de l’océan et devenu une sorte de gourou depuis sa guérison miraculeuse en mer. Durant l’enquête, Booth et Brennan évoquent chacun leur rendez-vous galant.
Après avoir identifié le corps d’un homme retrouvé dans la machine à laver d’un grand hôtel, Booth et Brennan se rendent au dernier endroit fréquenté par la victime : un stage de rêve pour fans de rock, où les stars jouent sur scène avec leurs groupies amateurs. Durant l’enquête, Camilla est invitée à sortir par le médecin de Michelle.
Les corps de deux femmes sont exhumés parmi les débris d’une maison calcinée. L’une fut brûlée pour sorcellerie à Salem au XVIIe siècle tandis que l’autre, assassinée récemment, prétendait être une sorcière. Tandis que Booth et Brennan enquêtent dans l’univers magique de la Wicca, Angela et Hodgins se retrouvent en prison après un contrôle routier.
Le procès du fossoyeur - la kidnappeuse d’enfants qui avait aussi enlevé Hodgins, l’agent Booth et le docteur Brennan, s’engage mal. L’équipe de l’Institut Jefferson doit reprendre tout le dossier afin d’apporter une preuve tangible pour inculper la coupable. À l’issue de cette affaire éprouvante, Angela et Hodgins annoncent qu’ils se sont mariés.
L’équipe de l’Institut Jefferson doit élucider le décès d’un homme à son domicile, un agoraphobe devenu un collectionneur compulsif. Pendant ce temps, le père d’Angela demande un service très particulier à Hodgins. Enfin, avec les opportunités professionnelles qui s’offrent à eux, Booth et Brennan sont contraints de remettre en cause leur collaboration.
