Depuis longtemps, un groupe de dix digimon ont donné leur vie pour vaincre les forces du mal qui menaçaient le digimonde. Ces guerriers ont créé des artéfacts depuis leurs propres données, les douze esprits avant de laisser le digimonde entre les mains de trois digimon célestes. Cependant, l'un de ces trois digimon, Cherubimon, décide d'emprisonner ces compagnons afin de régner en maître. Pour remédier à cette situation, un autre digimon céleste Ophanimon invoque cinq jeunes enfants élus du monde réel grâce aux Trailmon (digimon à l'apparence de trains hybrides). Dans le digimonde, ces cinq élus trouvent deux esprits, chacun pour se transformer en guerriers digimon. Cependant, tandis qu'ils trouvent leurs esprits respectifs, les cinq élus sont pris en chasse par plusieurs digimon, sbires de Cherubimon.