L'identité du Témoin étant désormais connue, l'ingénieur de la réalité virtuelle mettant fin à l'Armée des 12 Singes, Cole et ses alliés doivent traverser différentes époques de l'histoire pour l'arrêter.
Cole poursuit ses allers-retours en 2163 vers Titan dans l'espoir de retrouver Cassie, Ramse et Jennifer. A la demande de Jones, Hannah se joint à lui.
Coincée en France en 1922, Jennifer envoie des messages à Jones dans le futur mais elle est repérée par l'un des cavaliers de l'apocalypse.
Une vieille ennemie met en place un nouveau plan particulièrement dangereux qui pourrait briser des liens et détruire la réalité...
Cole doit affronter l'inimaginable pour sauver la femme qu'il aime. Il doit la faire s'échapper de Titan, la citée qui voyage dans le temps...
Pour trouver le Témoin, Railly et Cole doivent se rendre dans l'époque la plus terrible : les années quatre-vingt. Ils sont donc envoyés en 1989 à la recherche d'un document sacré qui pourrait les mener sur les traces de la redoutable armée des 12 Monkeys...
L’origine de l’Armée des Douze Singes a été dévoilée. Mais quel rôle Christopher Lloyd joue t-il dans cette histoire ?...
Katarina et son équipe mettent au point leur mission ultime pour tenter d’éliminer le témoin enfant. Ils savent où et à quelle époque les gardiens élèvent le garçon. Ils décident donc de se rendre en 1953 et de voler un prototype de brouilleur à impulsions électromagnétiques au laboratoire Raritan afin de mettre hors service les cuirasses des gardiens et les empêcher de se fragmenter quand ils arriveront pour tuer le témoin...
Une course se déroule contre d’anciens amis devenus des ennemis pour trouver le témoin en 1904. Ce n’est qu’au dernier instant qu’il révèle son visage...
Dans les appartements du témoin, Cassie et James tombent sur des dizaines de livres rédigés par Athan. Ils découvrent qu'il a été bloqué en 1891 suite à une pièce défectueuse dans sa cuirasse de fragmentation.
Des enfants découvrent Jennifer dans le mausolée qu'elle avait dessiné après une vision, et où elle semble attendre «l'homme qui meurt». En 1891, Cole et Cassie ont retrouvé Athan dans une église, et ils essaient de le dissuader de retourner à Titan.
