Une mystérieuse organisation s'intéresse à Shobu Kirifuda car ce dernier participe activement aux championnats de Duel Masters, le jeu de cartes dont il connaît les règles sur le bout des doigts. Il découvre un jour que ce jeu recèle de mystère et qu'il est possible de rencontrer les créatures imprimées sur les cartes. Grâce à ce pouvoir qu'il semble être le seul à posséder, il renforce ses connaissances en explorant les cinq civilisations qui forment la base du jeu. Il espère ainsi devenir le champion des Duel Masters, et peut-être retrouver la trace de son père disparu, un légendaire duelliste... Arrivera-t-il à devenir le prochain maître Kaijudo ?