Akihabara@DEEP nous raconte l'histoire de Page, Box, Akira, Taiko, Daruma, et Izumu, six otaku qui épanchent les petites douleurs de leurs vies sur le site internet appelé « le garde du corps de Yui ». À la mort du webmaster Yui, les six otaku, qui sont chacuns des experts dans leur domaine, se regroupent pour former le « Akihabara@DEEP », un groupe qui se voue a protéger le quartier d'Akihabara et à régler les problèmes de ses habitants…