Cela fait trente-deux ans que les Envahisseurs ont été vaincus et que l'A.E.G.I.S. a été démantelée. Il ne reste plus que quelques Gardiens de la Porte. L'un d'entre eux, Ayane Isuzu, apprend que Machine General et Devil Count sont de retour et qu'ils doivent sauver la Terre une fois de plus.