Kōtetsushin Jeeg a lieu cinquante ans après l'original et dispose de nouveaux personnages. Le principal est Kenji Kusanagi, un lycéen qui devient Kōtetsushin Jeeg pour se battre contre le « Haniwa Genjin » (« Haniwa le Dieux des Fantômes », ou des robots d'argile) de l'Empire Jamada gouverné par la Reine Himika. Des personnages de la série originale apparaissent également.