Mako (jYuka Ogura), une lycéenne, est victime d'intimidation et en a assez du monde qui l'entoure. Son seul réconfort réside dans la lecture du livre pour enfants « Raifuujin » à la bibliothèque de l'école, qui raconte l'histoire de ninjas qui se dressent contre un mal tout-puissant. Un soir, alors qu'elle rentre chez elle après l'école, les ninjas de Raifuujin, Hiro (Hina Tsukimiya) et Yuu (jKanon Hanae), apparaissent soudain devant elle. Guidée par le destin, Mako traverse le temps et l'espace et se retrouve dans le monde du clan ninja Iga. Sous la houlette du légendaire ninja Saizo (jak Sakaguchi), Mako commence un entraînement ninja exténuant afin d'acquérir la force nécessaire. Mais tout comme Mako, le méchant de Raifuujin, Kansuke Harada (jJoey Iwanaga), traverse également dans le monde réel…