Avec Hadji (l'orphelin de Calcutta adopté) et le bulldog Bandit, Jonny Quest — 11 ans — accompagne le docteur Benton Quest (son père, chercheur scientifique) et Race Bannon (leur garde du corps). L'équipe quitte les keys de Floride pour enquêter sur des mystères scientifiques, des légendes et des phénomènes étranges à travers le monde.
