Dark Blue Kiss poursuit l'histoire de Kiss Me Again et de Kiss The Series. Le couple formé par Pete et Kao est confronté à plusieurs problèmes. Si le père de Pete est désormais au courant de leur relation et les soutient, Kao n'a toujours pas fait son coming-out et redoute que sa mère découvre qu'il est homosexuel... Sans compter que le directeur de l'école où enseigne la mère de Kao a personnellement demandé à Kao de donner des leçons individualisées à son fils, Non. L'attitude ambiguë de Non vis-à-vis de son tuteur attise la jalousie de Pete, qui exige de Kao qu'il cesse de lui donner des leçons. Ces deux tempéraments de feu parviendront-ils à se mettre d'accord ? Sun, le propriétaire du café Blue Sky, se méfie de Mork, le meilleur ami de son frère Rain, le sachant enclin à la violence. Malgré tout, la fougue de Mork l'intrigue. Et lentement, les deux vont commencer à se rapprocher.