En 1973, l’agent John Bentley est capturé à Berlin et soumis au programme soviétique Tsikada de contrôle mental. De nos jours, l’opération Treadstone, programme secret de la CIA ayant créé Jason Bourne, est réactivée. Partout, des agents dormants sont « réveillés » pour des missions périlleuses. Parmi eux, Doug Mckenna, ouvrier sur une plateforme arctique, et Soyun Pak, mère en Corée du Nord, découvrent leurs capacités de combat hors du commun.