Autrefois rejeté et brutalisé par ses camarades de classe et surtout incompris de son père qui l'a élevé seul, Torii Shinichi vit aujourd'hui en marge de la société : il est ce qu'on appelle un hikikomori. Programmeur en informatique, il est doté d'une capacité de raisonnement hors-norme et pourvu d'une perspicacité imparable malgré son innocence enfantine. Employé d'une compagnie d'assurance, son meilleur ami Sakaki Tsukasa l'oblige constamment à sortir de chez lui. Ainsi, tous deux se retrouvent souvent impliqués dans de petites mésaventures, ce qui contraint le duo à devoir résoudre mystères et incidents se dressant sur leur route. Les deux jeunes hommes sont très proches et se sont mutuellement soutenus jusqu'alors. Ils vont d'ailleurs réaliser, tout en aidant leurs prochains, qu'ils ont chacun un rôle important à jouer dans l'existence de l'autre.