Yuta Hibiki est un jeune étudiant en première année qui se réveille un beau jour, sans aucun souvenirs. Ne sachant ni qui il est, ni où il se trouve, il rencontre Gridman, un agent d'élite, via son ordinateur. Celui-ci lui apprend qu'il a une mission d'ordre capitale à remplir : des kaiju (monstres géants) envahissent la ville, et Yuta va devoir contrer la menace.