Merlin revisite la légende arthurienne en se concentrant sur les jeunes années de Merlin et Arthur. Merlin, doté de pouvoirs magiques, arrive à Camelot où la magie est bannie par le tyrannique roi Uther. Il devient le serviteur d'Arthur, arrogant prince, et doit secrètement user de sa magie pour le protéger. La série suit leur amitié naissante, les intrigues de cour (notamment celles de Morgana), et les défis d'un royaume divisé. Merlin doit cacher ses pouvoirs tout en aidant Arthur à accomplir sa destinée de futur roi légendaire.