Avec l'apparition soudaine de monstres appelés « Dragons », le monde a connu de nombreux changements. Du côté des humains est apparu de nombreuses filles qui possèdent le pouvoir des « Dragons ». Elles sont appelées « D ». Bien que les garçons ne soient pas censés posséder ce genre de pouvoir, il existe une exception en la personne de Mononobe Yu. Il se retrouve dans l'obligation d'intégrer secrètement Midgar, l'académie qui forme ces filles spéciales. En ces lieux, il se retrouvera face à une de ces filles alors nue : Iris. Il découvrira également que Mitsuki, sa soeur qu'il n'a pas vu depuis de longues années est inscrite dans cette académie !