L'histoire de Magi est en partie inspirée des fameux contes & légendes des mille et une nuits. Dans le monde de Magi, d'étranges lieux appelés « Labyrinth » ont commencé à apparaître de manière totalement aléatoire 14 ans avant le début de l'histoire. À l'intérieur ? Des montagnes de richesses, mais aussi d'horribles pièges et dangers. Cependant, dès qu'une personne est arrivée au bout du Labyrinth, celui-ci disparaît, laissant ses trésors à celui qui l'a vaincu. Aladdin, le personnage principal, est un enfant tout ce qu'il y a de plus inoffensif… du moins, en apparence ! En effet, la flûte qu'il porte autour du cou est la demeure d'un puissant djinn du nom de Hugo. Un jour, le duo va faire la connaissance d'Ali Baba, dont le rêve est d'entrer dans un Labyrinth, en quête de richesse et de gloire ! Avec l'aide d'Aladdin, son rêve lui semble être à portée de main. Mais Ali Baba ne se rend pas compte qu'avec Aladin, son aventure ira bien plus loin.