Yûma Tsukumo est considéré comme le « bad-boy » numéro un de son lycée et rêve de devenir un champion du duel de monstres. Un jour, Ryouga Kamishiro, un duelliste qui avait vaincu un autre élève, lance un défi à Yûma suite à ses provocations. Durant le duel, une lumière étrange apparaît, une entité connue sous le nom d'Astral… Une nouvelle aventure commence…