Young GTO est la jeunesse d'Eikichi Onizuka (personnage principal de GTO) et de son meilleur ami Ryuji Danma. Ils sont encore au lycée mais ont déjà formé leur duo de choc l'Onibaku Combi (« duo des démons explosifs »). À peine arrivés dans leur nouvel établissement, ils sont déjà les caïds et maîtrisent « facilement » leurs senpaï (aînés). Mais d'autres aventures attendent nos héros, des combats mais aussi des histoires de cœur.