Voogie's Angel se déroule dans un avenir proche, en l’an 2020, où l’humanité est du côté perdant d’une guerre contre une race extraterrestre sinistre connue sous le nom d’Émigrants Spatiaux. L’humanité est contrainte de vivre dans des cités sous-marines, et les défenses humaines sont rapidement dépassées par la technologie plus avancée des extraterrestres. Un siècle s’est écoulé depuis que l’humanité a été écrasée par les Émigrants Spatiaux, et les derniers survivants ont planifié une offensive pour reprendre leur planète. Leur espoir repose sur quatre filles cybernétiquement améliorées : Voogie, Rebecca, Merrybell et Shiori. Ensemble, elles utilisent les armes les plus récentes pour mener des attaques de guérilla contre l’ennemi extraterrestre et, finalement, reprendre la planète Terre.