Après une attaque terroriste meurtrière en Russie, l'unité spéciale japonaise THIRD-i, pense que l'organisation responsable planifie de lâcher le même virus, appelé Bloody X, sur la ville de Tokyo. Afin d'éviter cela, la THIRD-i recrute un jeune génie : le hacker Takagi Fujimaru, afin qu'il trouve ce qu'il s'est exactement passé en Russie, lors de ce "Bloody Monday" (Lundi Sanglant).