Yûgi Muto est un jeune lycéen continuellement harcelé par les autres élèves de son école. Un jour, il reçoit de son grand-père un objet trouvé lors d'une fouille en Égypte : le puzzle du Millénium. Nul n'était auparavant parvenu à reconstituer cet objet antique, mais le jeune Yûgi réussit finalement à l'assembler. À cet instant est libéré l'esprit d'un ancien pharaon d'Égypte, enfermé jusqu'alors dans le puzzle, et qui prend possession du garçon. Yûgi devient en effet différent lorsqu'il livre des duels de cartes. Avec ses amis, il décide de partir pour parcourir le monde afin de remporter des duels et de percer le mystère des objets du Millénium…