Cinquante ans avant le début de la série, des scientifiques découvrirent que des comêtes allaient bientôt s'abattre sur Terre. Pour y parer, les United Contries décident de créer une force spatiale et aérienne sous la gestion de la Cosmic Emergency Management Agency : les Comet Blaster et les Meteor Sweeper. En 20xx, sur une base des Meteor Sweeper située sur l'île de Shimoji-jima dans la préfecture d'Okinawa, une jeune pilote, Mikaze Honjyo, et ses trois amies Shizuha Doi, Ayamo Nakamura et Karin Kikuhara, rêvent de devenir Comet Blaster et partir dans l'espace. Elles se rendent vite compte que les comètes cachent un complot mondial.