Il y a sept ans, une météorite s'est écrasée sur le quartier de Shibuya à Tokyo. Des formes de vie extraterrestres connues sous le nom de Worms ont émergé de la météorite et sont devenues une menace pour l'humanité. Depuis, Souji Tendou s'entraîne en attendant le Kabuto Zecter pour pouvoir reprendre le flambeau de Kamen Rider Kabuto. Se faisant de nombreux ennemis tout en rencontrant d'autres Riders aux origines mystérieuses, Tendou tente d'atteindre son objectif à tout prix : détruire tous les Worms qui menacent l'humanité.