2029, un Japon du futur proche. Le cyborg Motoko Kusanagi envisage une unité de lutte contre les menaces émergentes. Daisuke Aramaki recrute son équipe et forme la Section 9 de la Sécurité publique, alias l'"Unité spéciale". Un complot se dessine et un pirate émerge : le "Marionnettiste". Que réserve l'avenir à Kusanagi? Que veut ce pirate? Une nouvelle ère d'action cyberpunk commence!