Chaque nuit, l'organisation maléfique Fakker terrorise les habitants de la ville en enlevant des citadins. De manière à contrer la menace qui plane sur la ville, la magical girl Magical Valkyrie Frostia lutte seule pour sauver la population. Un soir, une jeune femme timide nommée Rin Hinatari, se fait attaquer par l'organisation, alors qu'elle rentrait de l'école. Par chance, cette dernière est sauvée par Magical Valkyrie Frostia. Mais lorsqu'elle découvre la véritable identité de la magical girl, Rin décide de la rejoindre dans sa lutte contre le mal. Il s'agit d'une adaptation en anime du jeu vidéo de ShiBoo!.