Le docteur Kenneth Onishi est capturé par les Predacons, menés par Megatron, qui veulent se servir de sa mémoire pour trouver les sources d'énergies les plus riches sur la Terre. Les Autobots, menés par Optimus Prime, sont bien décidés à protéger les humains des Predacons et à retrouver le docteur Onishi. Ils seront aidés par son fils, Koji.