Adol Christin part à l'aventure. Son but : trouver la mystique île d'Esteria et percer les secrets de cette contrée légendaire dont il entend parler depuis sa naissance. Suivant les paroles d'une oracle du nom de Sarah Tovah, lui et ses compagnons vont partir à la recherche des fameux tomes des livres sacrés appelés "Books of Ys", qui le mèneront non seulement à son objectif, mais également au maintien de la paix sur l'île, en proie à une terrible menace…