À la vue de changements climatiques soudains, Ken Kitazawa se voit dans l'obligation d'utiliser l'agent chimique Z, un nouveau procédé de l'agent chimique X, afin de détruire un glacier géant. Une fois cela fait, des rayons Z blancs et des rayons Z noirs s'échappèrent du glacier et s'éparpillèrent dans le ciel. C'est ainsi que trois fillettes ordinaires se font heurter par les rayons Z blancs et prennent désormais la défense du pays : Les Supers Nanas Zeta. Les rayons Z noirs heurtent différents animaux et êtres humains créant ainsi des êtres aux pouvoirs maléfiques. C'est ainsi que les Supers Nanas Zeta, Belle, Bulle et Rebelle feront désormais régner l'ordre et la justice envers l'humanité.