Au XVIIe siècle, deux prêtres jésuites, le père Rodrigues et le père Garrpe, débarquent sur les côtes japonaises. Dans ce pays où la religion chrétienne est interdite et ses fidèles persécutés, les deux missionnaires sont accueillis avec enthousiasme par les croyants, obligés de se cacher pour pratiquer leur foi. Le but des deux Occidentaux est d’aider à réimplanter le christianisme dans le pays, mais également de découvrir la vérité sur leur mentor, le père Ferreira, mystérieusement disparu après sa capture par les autorités cinq ans plus tôt…