Âgé d'à peine 10 ans, Jojo Bettzler est envoyé dans un camp d'entraînement hitlérien. Alors qu'il apprend à brûler des livres, combattre et manipuler des armes, il est renvoyé chez lui des suites d'une blessure causée par une maladresse qui lui vaut le surnom Jojo Rabbit. De retour chez lui, il découvre la présence d'une juive que sa mère cache chez eux. Étant un fanatique de la pensée nazi, il ne sait que faire devant ce dilemme. Il demande donc conseil à son ami imaginaire qui lui apparaît sous les traits de... Adolf Hittler.