Avocat dans un des plus prestigieux cabinets de New York, Michael Clayton est passé maître dans l'art de réparer les pots cassés. Si bien que lorsque son ami et collègue Arthur Edens, avocat-vedette de sa firme, menace de faire échouer une procédure de longue haleine, on le saisit du dossier. Lequel est épineux. En effet, Edens, qui a retourné sa veste, se prépare à dénoncer les pratiques de U/North, une multinationale agroalimentaire dont les produits constituent une menace pour la santé publique. Karen Crowder, qui représente U/North, tente d'étouffer l'affaire. Déjà aux prises avec des problèmes de dettes, Clayton ruse afin de ménager la chèvre et le chou.