Rendu borgne par la faute de son vilain grand-père, Kubo descend chaque jour au village pour raconter les exploits de son défunt père, un grand samouraï, à l’aide de figurines de papier qui s’animent au son de son shamisen. Le soir, le petit garçon, qui doit prendre soin de sa mère atteinte d’une profonde mélancolie, trouve du réconfort auprès d’une statuette représentant un singe. Un jour, tandis qu’il prie sur la tombe de son père, Kubo est surpris par la tombée de la nuit. Surgissent soudain de l’obscurité ses deux tantes, des jumelles maléfiques qui s’en prennent à lui, jusqu’à l’intervention salvatrice de sa mère qui y laisse pourtant sa vie. Alors que le village entier est englouti dans une épaisse fumée, Kubo se réveille dans un pays enneigé où il est recueilli par un singe.